La Biblioteca conserva actualment 318 manuscrits (segles X-XVIII), procedents principalment dels monestirs de Santes Creus i Poblet i altres ordes monàstics de la província.
La procedència més important és la de Santes Creus, amb 169 manuscrits dels segles X al XVIII, la majoria llatins, un grec i 4 catalans, dedicats bàsicament a disciplines sagrades o eclesiàstiques. Procedents de Poblet, destaquen els 20 manuscrits de la llibreria del virrei Pere Antoni d'Aragó, quasi tots del segle XVII, de temàtica històrica, diplomàtica i literària. Els manuscrits procedents d'altres ordes monàstics de la província són menys nombrosos.
Inventari fons. Dominguez Bordona
Domínguez Bordona, Jesús. «Manuscritos de la Biblioteca Pública de Tarragona. Inventario general». Butlletí Arqueològic. Reial Societat Arqueològica Tarraconense, 1953, Núm. 41-48, p. 50-75.
Manuscrits amb textos carolíngis
A la Biblioteca es conserven prop d’una vintena de manuscrits que daten entre els segles X i XV, que son una mostra del patrimoni literari carolingi i de la seva continuïtat al llarg dels segles posteriors. Aquests manuscrits procedeixen de l’escriptori i la Biblioteca de Santes Creus.